Con el nombre de Aula Fundación, se designan las aulas a cuyo mantenimiento contribuye la Fundación en varias instituciones con las que lleva a cabo proyectos conjuntos. Algunas de estas aulas están dotadas con los equipos necesarios para impartir y desarrollar distintos tipos de enseñanzas a través de medios telemáticos.

Hasta ahora existen Aulas Fundación en la Universitat Politécnica de Catalunya, en la Universidad Politécnica de Madrid, en la Universidad Carlos III de Madrid y en la Fundación Síndrome de Down de Madrid. En estas dos últimas reciben sus clases los alumnos del Proyecto BIT.

También se ha equipado un aula piloto Fundación en el Centro María Corredentora de Madrid, donde ya se imparten clases lectivas y algunas de las actividades diseñadas con la experiencia obtenida en el Proyecto BIT. Este centro es uno de los más avanzados en Educación Especial.